Basta mettere uno script nominato come vuoi e con i permessi di esecuzione in /root/Startup. Ad esempio per far aprire il browser all'avvio fai con geany il seguente script:
#!/bin/sh
exec defaultbrowser
e lo salvi come mioscript in /root/Startup. Poi:
chmod +x /root/Startup/mioscript
Ogni volta che si avvia il server X viene eseguito lo script.
