Mi sa che stai facendo confusione. Unetbootin si usa per rendere avviabili le chiavette.
Se vuoi usarlo per avviare un OS su un disco è un altro discorso, in più è la prima volta che lo sento e non ti posso aiutare.
Ti posso però dire che per avviare più sistemi operativi avevi già installato il grub insieme a puppy. Bastava quello. Io ci avvio win xp, win 7, lubuntu e diversi puppy, tutti dallo stesso disco.
Installando unetbootin invece probabilmente è stato soppiantato grub come bootloader perciò adesso, che fa testo, è la lista di unetbootin, non più il menu.lst di grub. Inutile quindi che controlli errori in quel file, non viene più calcolato. Stessa cosa per il tuo backup, se non c'è il grub a richiamarlo è come se non ci fosse.
Prova, da live, a reinstallare il grub e il menu.lst dovrebbe tornare in gioco.
In alternativa, sul sito in cui scarichi unetbootin ci sarà qualche indicazione su come impostare l'avvio singolo, multiplo, per linux, per windows ecc. Però è proprio un complicarsi la vita così
