Succede perchè puppy è installato, e anche se lanci da cd, all'avvio viene caricato il pup-save che sta nella partizione in cui è stato salvato. E visto che è in uso la partizione è montata, e non la puoi modificare.
Devi lanciare puppy senza fargli caricare il pupsave.
Prova F3 all'avvio, per aprire le impostazioni avanzate. Al prompt scrivi:
puppy pfix=ram
per scrivere l'= usa la ì accentata.
In questo modo dovresti avere puppy tutto in ram, la partizione resta smontata e la puoi modificare.
Per l'installazione frugale, se usi tutto lo spazio disponibile nella partizione per puppy e pup-save credo non ne resti abbastanza per lo swap. Prova con 256MB per il pup-save e vedi se funziona. Lo spazio per lo swap se lo ricava da solo.
Prima di installare i programmi, vedi se puppy funziona correttamente, nel caso fai subito un backup e poi passi alle installazioni. Siccome l'installazione non è una scienza esatta per puppy (mancano dipendenze ecc da installare a parte, non è proprio una cosa automatica) rischi di corrompere l'installazione base del sistema.