Ciao Stefano,
dunque, immagino che forse nel mettere il flag di boot manchi qualche passaggio per renderlo effettivo. Tuttavia, credo che possiamo tranquillamente ignorare il messaggio relativo al flag boot e, se grub te lo consente, andare avanti comunque con l'installazione. Il flag non è necessario generalmente.
Il fatto che quando accendi il pc vada direttamente in bios potrebbe essere un problema a parte, magari la batteria tampone che si è scaricata?