sì, in linux si fanno molte cose da console, un po' come il prompt del dos. se la chiavetta ti veniva vista come, ad esempio,
/mnt/sda1/
tu digita
umount /mnt/sda1/
anche se io non ho avuto problema di questo tipi con pendrive, solo ci floppy qualche volta, ma aggiornando con un refresh si risolveva
per saperne di più sul comando digita, sempre nella console:
mount --help
e
umount --help