Emule per linux non l'ho trovato. Alternative di quel tipo non saprei. Se hai voglia di compilartelo, qui trovi i sorgenti:
http://prdownloads.sourceforge.net/emule/eMule0.50a-Sources.zipDi default su puppy c'è già un client per i torrent. Se non ti piace quello, uno vale l'altro, utorrent, bittorrent, bitcomet ecc. Fanno più o meno tutti lo stesso lavoro, cambia magari l'interfaccia. Basta solo che apri le porte sul router poi vanno.
Jdownloader per linux c'è, così se scarichi da link diretto, tipo rapidshare o megaupload, non devi inserire i caratteri di controllo ogni volta, comodo soprattutto per scaricare files voluminosi divisi in più parti. si integra con tutti i browser.
Per gli altri siti, Opera ha il download manager integrato, che supporta anche il resume, la pausa ecc. Per me è sufficiente.
Farebbe anche da client torrent, ma qualsiasi altro client dedicato è meglio.